Sempre que possível, prefira layout personalizado.
Seu site será reconhecido como único, a marca é mais valorizada e os visitantes desejarão voltar com maior frequência.
De qualquer maneira, abaixo cito vantagens e desvantagens de templates ao meu ponto de vista:
Vantagens
Desvantagens
Mas e se não for possível usar um layout personalizado?
Então escolha um template bastante profissional e procure alterar ao máximo os detalhes do template, de forma a tentar se diferenciar de outros sites.